ستبذل العديد من الجهود للتغلب على الحواجز التجارية بين إندونيسيا وإيران. وقد ذكر السفير الإندونيسي لدى إيران، أوكتافينو أليمودين، عددًا من التحديات في التعاون التجاري بين الدولتين، وهي مشكلة نظام الدفع والنقل ومخاطر الأعمال وسياسات تقييد الاستيراد للمنتجات التي تنتجها إيران. فقد قال أوكتافينو أليمودين في بيان صحفي حول منتدى ترويج التجارة الإندونيسية و الذي نظمته منظمة ترويج التجارة الإيرانية في طهران, يوم الخميس (2/1)،حيث إنه في المستقبل، كان هناك عدد من الجهود التي يتعين القيام بها وهي تسوية المفاوضات لتوقيع اتفاقية التجارة التفضيلية، وتسوية مشاكل نظام الدفع والنقل، وكذلك زيادة الترويج وتسهيل وصول منتجات التصدير لكلا الدولتين. و في تلك المناسبة، أوضح أوكتافينو ان تطور العلاقات التجارية امر هام بين الدولتين. ووفقا له، فإن قيمة التجارة بين إندونيسيا وإيران أعلى من القيمة التجارية لإيران مع العديد من الدول الأخرى في جنوب شرق آسيا.